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劉龍奇

（杭州華大生命科學研究院執行院長）

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劉龍奇，深圳華大生命科學研究院博士，杭州華大生命科學研究院執行院長。 [1] 
中文名
劉龍奇
任職單位
深圳華大生命科學研究院
學位/學歷
博士

目錄

  1. 1 人物經歷
  2. 2 發表論文

劉龍奇人物經歷

2015年，博士畢業並加入華大 [29] 
2019年，深圳華大生命科學研究院的研究團隊研發出了同時捕獲單細胞內染色質可及性和轉錄組的測序技術（scCAT-seq） [27]  研究人員劉龍奇表示：“如何在單個細胞中充分獲得多種維度的信息是目前的重要挑戰，該技術最大的意義在於在一個單細胞裏同時獲得了染色質結構和基因表達雙重信息。通過開發算法對這兩種信息的整合，我們現在能夠在單細胞水平看到很多過去人們未知的信息，比如單細胞水平DNA元件對靶基因的調控關係。” [27] 
2022年3月，中國科學院和深圳華大生命科學研究院等多家機構的研究者，通過體細胞誘導培養出了類似受精卵發育3天狀態的人類全能幹細胞。相關研究成果於北京時間3月22日凌晨在國際學術期刊《自然》（Nature）上發表。論文的另一位通訊作者、深圳華大生命科學研究院劉龍奇博士介紹，“通過大規模單細胞多組學圖譜的方法，對幹細胞技術手段在體外或體內獲得的細胞或組織進行高效鑑定和機制解析，將極大地加速再生醫學領域的發展。” [4] 
2022年4月，華大聯合國內外科研機構繪製的全球首個非人靈長類動物全細胞圖譜，於北京時間4月13日晚，發表於國際頂級學術期刊《自然》（Nature）。 [2]  劉龍奇在接受澎湃新聞記者專訪時表示，現階段而言，人類細胞圖譜的全面解析仍存在多項挑戰，他們近年來將目光聚焦到和人的基因相似度高達93%的食蟹獼猴（Macaca fascicularis）。 [28] 
2022年5月4日晚，深圳華大生命科學研究院聯合多家機構在Cell出版社官網以時空組學聯盟（STOC）專題的形式發佈了全球首批生命時空圖譜。這是首次從時間和空間維度上對生命發育過程中的基因和細胞變化過程進行超高精度解析，為認知器官結構、生命發育、人類疾病和物種演化提供全新方向。 [3] 
“時空組學技術的出現，實現了生命在時間和空間維度上細胞‘地圖’的全面繪製，讓我們可以在細胞甚至亞細胞分辨率下，觀察到正常狀態和疾病狀態下分子和細胞的分佈及細胞之間的互作情況，真正實現了從高精度結構的角度去理解功能，這將大大推動我們對於生命複雜性和人類疾病的全面認知。”系列論文的共同通訊作者之一、深圳華大生命科學研究院單細胞組學首席科學家劉龍奇表示。 [3] 

劉龍奇發表論文

1. Xu Y, Liu L#, Laslett A L, Miguel Esteban#.Cell reprogramming: into the groove. Nature Materials, 2013,12(12): 1082-1084. (#Co-corresponding authors) [5] 
2. Liu L, Xu Y, HeM, et al. Transcriptional pause release is a rate-limiting step for somaticcell reprogramming. Cell Stem Cell, 2014, 15(5): 574-588 [6] 
3. Liu L, Leng L,Liu C, et al. An integrated chromatin accessibility and transcriptomelandscape of human pre-implantation embryos[J]. Nat Commun 10, 364 (2019) [7] 
4. Liu L, Liu C,Quintero A, et al. Deconvolution of single-cell multi-omics layers revealsregulatory heterogeneity[J]. Nat Commun 10, 470 (2019) [8] 
5. Liu C, Wang M, Wei X, …, Liu L#. An ATAC-seq atlas of chromatin accessibility in mousetissues[J]. Scientific data, 2019, 6(1): 1-10. (#Correspondingauthor) [9] 
6. Y, Sun N, Li C, …, Liu L, et al. Dissecting primateearly post-implantation development using long-term in vitro embryo culture[J].Science, 2019, 366(6467). [10] 
7. Zhu L, Yang P, Zhao Y, Zhuang Z, Wang Z, Song R, Zhang J, …, Wang F#, Gao GF#, Liu L#, Liu WJ#. (2020), Single-cellsequencing of peripheral mononuclear cells reveals distinct immuneresponse landscapes of COVID-19 and influenza patients, Immunity,2020 Sep 15;53(3):685-696. (#Corresponding authors) [11] 
8. Li, H., Wei, X., Zhou, L. ,…, Liu L,et al. Dynamiccell transition and immune response landscapes of axolotl limb regenerationrevealed by single-cell analysis. Protein Cell 12, 57–66(2021). [12] 
9. Yu Y, Wei X, Deng Q, Lan Q, Guo Y, Han L, Yuan Y, Fan P, Wu P, ShangguanS, Liu Y, Lai Y, Volpe G, Esteban MA, Liu C, Hou Y# and Liu L# .Single-Nucleus ChromatinAccessibility Landscape Reveals Diversity in Regulatory Regions Across DistinctAdult Rat Cortex. Front Mol Neurosci. 2021 May17;14:651355 [13] 
10. Yuan Y, Deng Q, Wei X, Liu Y, Lan Q, Jiang Y, Yu Y, Guo P, Xu J, Yu C,Han L, Cheng M, Wu P, Zhang X, Lai Y, Volpe G, Esteban MA, Yang H, Liu C# and Liu L# (2021) The Chromatin Accessibility Landscape of Adult Rat. Front Genet. 2021May 24;12:651604 [14] 
11. LiY, Yang T, Lai T, You L, Yang F, Qiu J, Wang L, Du W, Hua C, Xu Z, Cai J, Li Z,Liu Y, Li L, Zhang M, Chen J, Zhang L, Chen D, Wang W, Liu S, Wu L, Zeng W,Wang B, Wei X#, Liu L#,Chen F#.CDCP: A visualization and analyzing platform for single-cell datasets. J Genet Genomics. 2021 Dec 29:S1673-8527(21)00374-X. doi:10.1016/j.jgg.2021.12.004. Online ahead of print. [15] 
12. Mazid, M.A., Ward, C., Luo, Z., .Liu,L#., et al. Rolling back ofhuman pluripotent stem cells to an 8-cell embryo-like stage. Nature. 2022May;605(7909):315-324. doi: 10.1038/s41586-022-04625-0. Epub 2022 Mar21.PMID: 35314832 [16] 
13. ChenA, Liao S, Cheng M, Ma K, Wu L, Lai Y, Qiu X, Yang J, Xu J, Hao S, Wang X, LuH, Chen X, Liu X, Huang X, Li Z, Hong Y, Jiang Y, Peng J, Liu S, Shen M, Liu C,Li Q, Yuan Y, Wei X, Zheng H, Feng W, Wang Z, Liu Y, Wang Z, Yang Y, Xiang H,Han L, Qin B, Guo P, Lai G, Muñoz-Cánoves P, Maxwell PH, Thiery JP, Wu QF, ZhaoF, Chen B, Li M, Dai X, Wang S, Kuang H, Hui J, Wang L, Fei JF, Wang O, Wei X,Lu H, Wang B, Liu S, Gu Y, Ni M, Zhang W, Mu F, Yin Y, Yang H, Lisby M, CornallRJ, Mulder J, Uhlén M, Esteban MA#, Li Y#, Liu L#, XuX#, Wang J#. Spatiotemporal transcriptomic atlas ofmouse organogenesis using DNA nanoball-patterned arrays. Cell. 2022 May12;185(10):1777-1792.e21. doi: 10.1016/j.cell.2022.04.003. Epub 2022 May 4.PMID: 35512705 [17] 
14.Jiang Y, Hao S, Chen X,Cheng M, Xu J, Li C, Zheng H, Volpe G, Chen A, Liao S, Liu C#, Liu L#, Xu X#. Spatial Transcriptome Uncovers theMouse Lung Architectures and Functions. Front Genet. 2022 Mar 9;13:858808. doi:10.3389/fgene.2022.858808. eCollection 2022.PMID: 35391793 [18] 
15.Han L, Wei X, Liu C, HouY#, Xu X#, Esteban MA#, Liu L#, et al.. Cell transcriptomic atlas ofthe non-human primate Macaca fascicularis.Nature. 2022 Apr;604(7907):723-731. doi:10.1038/s41586-022-04587-3. Epub 2022 Apr 13.PMID: 35418686 [19] 
16. Liu X, Jiang Y, Song D, Zhang L, Xu G, Hou R,Zhang Y, Chen J, Cheng Y, Liu L, Xu X, Chen G, Wu D, Chen T, ChenA, Wang X. Clinical challenges of tissue preparation forspatial transcriptome. Clin Transl Med. 2022 Jan;12(1):e669.doi: 10.1002/ctm2.669.PMID: 35083877 [30] 
17.Wang M, Hu Q, Lv T, WangY, Lan Q, Xiang R, Tu Z, Wei Y, Han K, Shi C, Guo J, Liu C, Yang T, Du W, An Y,Cheng M, Xu J, Lu H, Li W, Zhang S, Chen A, Chen W, Li Y#, Wang X#, Xu X#, HuY#, Liu L#. High-resolution 3Dspatiotemporal transcriptomic maps of developing Drosophila embryos and larvae .Dev Cell.2022 Apr 17:S1534-5807(22)00246-5. doi: 10.1016/j.devcel.2022.04.006. Onlineahead of print.PMID: 35512700 [20] 
18.Xu J, Hao S, Shi Q, Deng Q, Jiang Y, Guo P, YuanY, Shi X, Shangguan S, Zheng H, Lai G, Huang Y, Wang Y, Song Y, Liu Y, Wu L,Wang Z, Cheng J, Wei X, Cheng M, Lai Y, Volpe G, Esteban MA, Hou Y, LiuC#, Liu L#. TranscriptomicProfile of the Mouse Postnatal Liver Development by Single-Nucleus RNASequencing.Front Cell DevBiol. 2022 Apr 6;10:833392. doi: 10.3389/fcell.2022.833392. eCollection 2022.PMID: 35465320 [21] 
19. Liu C, Li R, Li Y, LinX, Zhao K, Liu Q, Wang S, Yang X, Shi X, Ma Y, Pei C, Wang H, Bao W, Hui J,Yang T, Xu Z, Lai T, Berberoglu MA, Sahu SK, Esteban MA, Ma K, Fan G, Li Y, LiuS, Chen A, Xu X#, Dong Z#, LiuL#.Spatiotemporal mapping of gene expression landscapes anddevelopmental trajectories during zebrafish embryogenesis .Dev Cell.2022Apr 22:S1534-5807(22)00249-0. doi: 10.1016/j.devcel.2022.04.009. Onlineahead of print.PMID: 35512701 [22] 
20. Wang Z, Zhong Y, ZhangZ, Zhou K, Huang Z, Yu H, Liu L, Liu S, Yang H, Zhou J, Fan J, Wu L#, Sun Y#. Characteristicsand Clinical Significance of T-Cell Receptor Repertoire in Hepatocellular Carcinoma. Front Immunol. 2022 Mar 16;13:847263.doi: 10.3389/fimmu.2022.847263. eCollection 2022.PMID: 35371059 [23] 
21. Wang S, Xie J, Zou X,Pan T, Yu Q, Zhuang Z, Zhong Y, Zhao X, Wang Z, Li R, Lei Y, Yin J, Yuan Y, WeiX, Liu L, Liu S, Yang H, Wu L#.Single-cell multiomics reveals heterogeneous cell stateslinked to metastatic potential in liver cancer cell lines .iScience. 2022 Feb 2;25(3):103857. doi:10.1016/j.isci.2022.103857. eCollection 2022 Mar 18.PMID: 35198910 [24] 
22. Shi X, Ma W, Duan S, ShiQ, Wu S, Hao S, Dong G, Li J, Song Y, Liu C, Lin X, Yuan Y, Deng Q, Xu J, BaiS, Hou Y, Liu C#, LiuL#.Single-cell transcriptional diversity of neonatal umbilicalcord blood immune cells reveals neonatal immune tolerance .Biochem Biophys Res Commun. 2022 Jun 11;608:14-22. doi:10.1016/j.bbrc.2022.03.132. Epub 2022 Mar 28.PMID: 35381424 [25] 
23. Wang S, Liu Y, Li Y, LvM, Gao K, He Y, Wei W, Zhu Y, Dong X, Xu X, Li Z#, Liu L#, Liu Y#. High-ThroughputFunctional Screening of Antigen-Specific T Cells Based on Droplet Microfluidicsat a Single-Cell Level .Anal Chem. 2022 Jan18;94(2):918-926. doi: 10.1021/acs.analchem.1c03678. Epub 2021 Dec 1.PMID: 34852202 [26] 
參考資料
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