劉裕篡晉

402年，司馬元顯為了避免桓玄乘亂偷襲，搶先西征，任劉牢之為先鋒，司馬尚之為後部。桓玄也率軍東下，最後大破司馬尚之。劉牢之認為司馬元顯無用，倒戈引桓軍入建康。桓玄控制朝廷，誅殺異己，先後殺司馬元顯與道子，並奪取劉牢之兵權，誅戮部分北府將領，提拔北府將領劉裕。他最初有意革新朝廷，但最後豪奢縱慾，政令無常，漸失人心。

403年，桓玄篡位稱帝，建國桓楚。隔年劉裕同北府舊將何無忌、劉毅舉兵，收復建康，桓玄挾晉安帝西撤江陵。不久桓玄又率軍東下，被劉毅擊敗，在逃往蜀地途中被馮遷所殺。而後桓振、桓謙又挾晉安帝反抗，劉裕直到405年肅清桓氏勢力，得以迎晉安帝復位，掌控了朝廷 ^[1]  。

405年，益州刺史毛璩率軍討伐江陵桓振，蜀軍不願遠征，推譙縱為首叛晉，譙蜀建立。蜀軍隨後攻陷成都，殺死毛璩，譙縱自號成都王。408年，晉廷派劉敬宣率軍討伐但失敗。413年劉裕派西陵太守朱齡石率軍西伐，攻佔成都。譙縱敗退自殺，譙蜀亡。

盧循為孫恩繼承人，桓玄為安撫他任為永嘉太守，但他仍不斷襲擾沿海。404年盧循由海路攻佔廣州，隔年晉廷又任命他為廣州刺史。410年盧循趁劉裕北伐南燕之機，與其姐夫徐道覆分二路北伐，於桑洛州合力擊潰劉毅（今江西九江市），乘勢攻入京師建康，史稱盧循之亂。此時劉裕回撤，盧循和徐道覆發生內訌，盧循久攻京師不破，撤守尋陽。10月徐道覆進攻江陵，為守將劉道規所敗。12月盧循被晉軍打敗，退守廣州。411年劉裕派兵擊殺徐道覆。盧循最後於交州被交州刺史杜慧度殲滅，投水自殺，至此亂事平定 ^[1]  。

劉裕掌控朝廷後，荊州刺史劉毅忌妒，意圖舉兵。412年，劉裕搶先討伐劉毅，劉毅兵敗自殺。

劉裕消滅若干異己後，先後發動兩次北伐。當時南燕慕容超屢屢入侵，409年劉裕率軍伐南燕，次年攻破南燕都城廣固（今山東青州市），擒殺慕容超，南燕亡。而後因盧循叛亂，劉裕回師。後秦屢遭胡夏帝赫連勃勃入侵，國勢大衰，幼主姚泓初立。

416年12月劉裕再度北伐，連克許昌、洛陽。隔年劉裕兵分兩路圍攻關中，最後攻破長安，後秦亡。但該年冬天，留守京師的劉穆之突然去世，為免後方生變影響自己的篡晉計劃，劉裕不得不返回京師。他命其幼子劉義真同王鎮惡、沈田子諸將防守長安。後來諸將內訌。胡夏帝赫連勃勃率軍攻擊 ^[2]  。

417年冬劉裕命劉義真等率軍東歸，遭夏軍追擊，元氣大傷，至此北伐結束。長安雖得而復失，良將勁兵損失頗多，但收復之地並未損失多少，潼關以東收復的部分關中之地和整個河南地區仍然得到劉裕的重兵扼守。經過兩次北伐，黃河以南、淮水以北以及漢水上游的大片地區，為劉裕據有。

419年，劉裕殺晉安帝，立其弟德文，為晉恭帝。420年，劉裕廢晉恭帝自立，是為宋武帝，建國宋，史稱南朝宋，東晉至此滅亡，進入“南北朝時期”。

此時，北方仍處於五胡十六國時期，直至439年，北魏統一後方形成南北朝對峙格局 ^[1]  。