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刘昶

中国医学科学院研究员
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中国医学科学院药用植物研究所 [1]生物信息中心副主任研究员 博士生导师 ,协和学者特聘教授。美国明尼苏达大学(双城校区) 动物病理专业博士,主攻方向为细胞生物学基因组学美国明尼苏达大学 (双城校区)计算机专业硕士(第二学位)。曾任葛兰素史克制药公司(美国北卡罗来纳州)Genetic Research项目主管;香港大学李嘉诚医学院助理教授;耶鲁大学访问学者。
中文名
刘昶
国    籍
中国
民    族
汉族
出生地
武汉
毕业院校
美国明尼苏达大学
学位/学历
博士
专业方向
细胞生物学和基因组学
职    务
研究所副主任、博士生导师 [2]
性    别

求学经历

播报
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早年在国内求学,后普美国明尼苏达大学(双城校区) 获得动物病理专业博士,主攻方向为细胞生物学和基因组学;美国明尼苏达大学(双城校区)计算机专业硕士,获第二学位。曾任葛兰素史克制药公司(美国北卡罗来纳州)Genetic Research项目主管;香港大学李嘉诚医学院助理教授;耶鲁大学访问学者。现任中国医学科学院药用植物研究所生物信息中心副主任。

研究方向

播报
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(1)药用真菌和药用植物基因组学;(2)中药材物联网构建关键技术;

主要成果

播报
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主持国家自然科学基金、人事部留学回国人员科技活动择优资助、北京市自然科学基金、香港政府大学教育资助基金RGC、协和学者特聘教授基金等项目,并作为骨干成员承担科技部 863计划、教育部“创新团队发展计划”、中国医学科学院“中药资源学协和创新团队”多项研究课题。
以第一或通讯作者发表 SCI论文 30余篇,刊载在 Science、PNAS、Nature Communication、Bioinformatics、BMC Genomics、PLOS One和 BMC Bioinformatics等期刊。近年来关注药用真菌和药用植物基因组结构与功能解析、生物信息学/化学信息学分析技术平台构建,相关工作在Science杂志上被引用和评论,多次应邀在国际DNA条形码大会上发表研究报告;2012年,与美国太平洋生物有限公司(PacBio)建立 IMPLAD-PacBio联合前沿遗传分析实验室,做为通讯作者发表了国内应用PacBio技术的首篇SCI论文,在整基因组测序及数据分析、转录组分析及序列数据挖掘方面达到国际先进水平。

主要论文

播报
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[2](1). Chen S*, Xu J*,Liu C*, Zhu Y, Nelson DR, Zhou S, Li C, Wang L, Guo X, Sun Y et al: Genome sequence of the model medicinal mushroom Ganoderma lucidum. Nat Commun 2012, 3:913.(*Contributed equally)
(2). Abrahamsen MS, Templeton TJ, Enomoto S, Abrahante JE, Zhu G, Lancto CA, Deng M,Liu C, Widmer G, Tzipori S et al: Complete genome sequence of the apicomplexan, Cryptosporidium parvum. Science 2004, 304(5669):441-445.
(3). Striepen B, White MW,Li C, Guerini MN, Malik SB, Logsdon JM, Jr., Liu C, Abrahamsen MS: Genetic complementation in apicomplexan parasites. Proc Natl Acad Sci U S A 2002, 99(9):6304-6309.
(4).Liu C, Li J, Wang L, Wu F, Huang L, Xu Y, Ye J, Xiao B, Meng F, Chen S et al: Analysis of tanshinone IIA induced cellular apoptosis in leukemia cells by genome-wide expression profiling. BMC Complement Altern Med 2012, 12(1):5.
(5).Liu C, Shi L, Xu X, Li H, Xing H, Liang D, Jiang K, Pang X, Song J, Chen S: DNA barcode goes two-dimensions: DNA QR code web server. PLoS One 2012, 7(5):e35146.
(6).Liu C, Shi L, Zhu Y, Chen H, Zhang J, Lin X, Guan X: CpGAVAS, an integrated web server for the annotation, visualization, analysis, and GenBank submission of completely sequenced chloroplast genome sequences. BMC Genomics 2012, 13(1):715.
(7). Pang X*,Liu C*$, Shi L*, Liu R, Liang D, Li H, Cherny SS, Chen S$: Utility of the trnH-psbA Intergenic Spacer Region and Its Combinations as Plant DNA Barcodes: A Meta-Analysis. PLoS One 2012, 7(11):e48833. (*Contributed equally, $Corresponding author)
(8). Song J, Shi L, Li D, Sun Y, Niu Y, Chen Z, Luo H, Pang X, Sun Z,Liu C$et al and Chen S$: Extensive pyrosequencing reveals frequent intra-genomic variations of internal transcribed spacer regions of nuclear ribosomal DNA. PLoS One 2012, 7(8):e43971. ($Corresponding author)
(9).Liu C, Liang D, Gao T, Pang X, Song J, Yao H, Han J, Liu Z, Guan X, Jiang K et al: PTIGS-IdIt, a system for species identification by DNA sequences of the psbA-trnH intergenic spacer region. BMC Bioinformatics 2011, 12 Suppl 13:S4.