全部成為F

　　神南大學工學部建築學科三年級學生西之園萌繪在向本專業的準教授犀川創平做彙報。萌繪與被犀川贊為“最接近神的人類”的天才程序員真賀四秀見面了。四季因某事件被幽禁，但是萌繪拜託當縣知事的伯母促成了會面。就犀川羨慕不已時，助教國枝桃子來找他，請他去同校的極地環境研究中心。對犀川懷有好感的萌繪也一同前往。工學部土木工學科準教授喜多北斗來迎接他們，並帶領他們參觀了低温實驗室。然後，萌繪的學姐服部珠子約他倆參加實驗結束後的宴會。宴會上，有土木工學科教授木熊京介和助教市之瀨裏佳，以及很多學生。宴會開始了，珠子卻在實驗室隔壁發現丹羽健二郎被殺了。隨後趕到的警察找喜多等人問話。雖然萌繪和犀川也在場，不過，刑警鵜飼大介准許他們先回家。現場的其他刑警很驚訝， 鵜飼解釋説萌繪是縣警本部長西之園捷輔的侄女。就在這時，萌繪突談起有關犯人逃跑路線的事。

　　有人把萌繪關在了低温實驗室裏，幸好犀川及時救了她。萌繪被送到ICU裏，其伯父捷輔前來探望。捷輔告訴犀川，萌繪之所以熱衷於查案，是為了得到犀川的認可。第二天早，萌繪被轉到一般病房，犀川守在她身邊。他問萌繪可知道犯人是誰，其目的是什麼。萌繪的回答與犀川推理的一樣，她託犀川替自己找出兇手。與此同時，裏佳來極地環境研究中心上班。守衞見她這麼早到十分驚訝，裏佳解釋説自己前一天出差，今天回到本地就直接來上班了。這時，犀川也來到研究中心，他聽到一聲哀叫，急忙衝進大樓，只見木熊倒在地上，旁邊是嚇呆了的裏佳。鵜飼不禁感嘆同一地點已經出現四具屍體了。犀川仔細推敲從鵜飼那裏提到的情報。喜多告訴犀川，已故的增田的電腦裏留下的“shika”的暗號，可能是什麼人的登錄名。犀川返回研究室，桃子向他報告説有人入侵了他的電腦。犀川給某人發了郵件，稱自己已洞察一切，收件人正是shika。

　　萌繪約犀川到香山一家所住的日式宅邸拜訪。名義上是進行“歷史建築調查”，實際上，萌繪的關注點是香山家代代相傳的壺與匣。上了鎖的匣子有一個對應的壺，鑰匙在壺中，但誰也取不出來。五十年前，香山家的當家、佛像畫師香山風采遇害，壺上沾了風采的血。警察見狀要求打開匣子，但是風采的兒子、同為佛教畫師的林水拒絕了。萌繪想看看那兩樣東西，就和犀川一起到了收藏壺與匣的倉庫，但是傭人制止了他們。萌繪不死心，纏着要看，結果，現任當家林水的妻子富美嚴辭拒絕了她。過了幾天，萌繪、犀川、捷輔在餐廳吃飯時，遇到了林水的長女、漫畫家麻裏。捷輔的妻子喜歡風采的作品，所以捷輔與麻裏相識。萌繪借這層關係，再次和犀川造訪香山家。他們在客廳等麻裏，但是，約定的時間都過了，麻裏還沒回來。萌繪想從房間出去，就打開了隔扇，就在這時，倉庫那裏傳來了驚叫聲。萌繪和犀川跑過去察看，富美等香山家的人都聚集在那裏。倉庫中有大量的血跡，而本應在這裏的林水卻不見蹤影。但是，那裏放着壺與匣，潔白的壺上粘着血痕。

　　香山家的人聚集在大廳，萌繪向他們説明，從醫院失蹤的麻裏可能與林水之死有關聯。另一方面犀川獨自一人呆在房間的角落。鵜飼刑警在宅門附近找到了麻裏吸過的香煙，而林水的兒子多可志想賣掉宅子，遭到林水反對。他覺得這兩個人都很可疑。多可志説這座宅子是受了詛咒的，還是賣了好。後來，萌繪和犀川跟正在玩英雄玩偶的多可志的兒子祐介套話。當萌繪問祐介英雄是不是強大時，祐介回答説英雄沒有了。萌繪覺得不可思議，她把電池重新安在玩偶身上。看到重新動起來的玩偶，祐介説“有了”。見此情景，犀川心有所動。第二天，萌繪和犀川再次來到香山家。犀川在倉庫裏察看後，告訴萌繪，倉庫使用了某項技術，看起來古舊，實則內部使用了硅材料，因而成為密室。雖説這樣做可以防濕氣，保護古畫，不過，改裝費用極高，犀川認為能這麼做的應該是位藝術家。就在這時，中庭傳來慘叫，萌繪和犀川連忙趕過去。

　　萌繪、犀川以小組旅行為名，來到真賀田田四季的研究所所在的小島。15年前，當時僅14歲的四季以殺害雙親的嫌疑被捕，法院以她精神失常為由判她無罪。因為四季是天才程序員，所以該案在社會引起軒然大波。從那以後，四季就隱居在研究所中，再也沒出去過。萌繪和犀川得到特別許可得以拜訪研究所。，可是所長新藤新二不在，副所長山根幸宏接待了他們。山根向他們介紹了研究所超級先進的人工智能控制系統。就在這時，四季的房間傳來緊急警報。山根、萌繪、犀川衝到四季房間所在的地下室。在四季房間的控制室裏，警報大作，系統陷入癱瘓。人們想進入四季的房間，但是門打不開。清二的妻子裕見之也來到地下室。工作人員要求打破房門衝進去，裕見子以沒有清二的許可為由，不許他們輕妄動。這時，警報聲停止了，房間裏的燈忽明忽暗。主任程序員島田文子也找不出是什麼原因。就在此刻，四季的房門自動開了。在一片昏暗中，萌繪等人定睛一看，只見房中出來一個披着白色婚紗的人影。

　　萌繪和犀川發現殺害四季的犯人用病毒入侵了研究所的監控系統，但犯人逃到哪裏去，他們也毫無頭緒。案發後，研究所也和外界失去了聯繫。這時，島田文子查到怕長清二原定於第二天一早與記者見面。因為記者是坐船來的。等到記者到達港口時就可以和外界聯繫了。然而，副所長山根等不到明天，決定切換其他系統以便和外界恢復聯繫。如果奏效，那麼他們馬上就能和警方聯絡上，山根請求萌繪、犀川對於四季之死保持覺默。因為四季之死也就意味着研究所辦不下去了，他打算讓四季的妹妹未來頂替四季，繼續維持研究所。這之後，萌繪在監控室的錄像上注意到某件事情。當四季的遺體“坐”着搬運車出現時，電梯的顯示屏的數字是萌繪他們所在的地下B1層，但是，緊接着，當系統強制重啓時，畫面上電梯的數字顯示是“R”。這意味着，雖然那時現場全體人員都陷入恐慌中，但是，很可能有人從四季的屋裏出來坐電梯上到了天台。然而，監視畫面上卻顯示沒有人。由此，萌繪產生了一個想法。

　　萌繪接到表哥大御坊安朋的緊急求救電話，急忙來到他主辦的某活動的現場。原來，那裏正在舉行模型和手辦大會，現場聚集了許多知名模型師創作的作品，以及大量的粉絲，雜誌記者儀同世津子也來採訪。萌繪來到大御坊所在的會場休息室，才知道他是要她幫忙頂替COSPLAY模特。因為原定的模特筒見明日香突然聯繫不到人，所以他才叫萌繪來救場。與此同時，犀川和喜多北斗也來參會。他們二人是大御坊的中學同學，特來捧場。萌繪拗不過表可，只好穿上了COSPLAY服裝。就在此時，明日香的哥哥紀世都來找大御坊，問知不知道寺林在哪裏。因為寺林拿着第二休息室的鑰匙，現在找不到他，大家都很為難。這時，走廊裏傳來尖叫聲，萌繪等人循聲跑去，只見第二休息室大門洞開，在裏面，有頭部被切斷的明日香的遺體。遺體附近躺着一個混身是血的男人——寺林高司。刑警鵜飼和片桐趕來。鵜飼説寺林是另一起殺人案的重要嫌疑人。

　　萌繪見到紀世都做了一個和明日香真人一樣大小的手辦，感到了他與常人有異的一面。她和犀川探討紀世都是不是因為偏愛明日香而殺了她。這時，世津子來找犀川。看到世津子與犀川很親熱，萌繪心裏不是滋味，就離開了研究室。深志交給她一個信封。信是世紀都寫給萌繪的。就在萌繪讀信時，她接到了寺林的電話。寺林説他有件事無論如何也要調查清楚，因此想離開醫院。萌繪追問他到底要做什麼，寺林説打算去找紀世都。萌繪和寺林來到紀世都的工作室，卻看到了喜多北斗和大御坊。大御坊説聯繫不上紀世都，擔心他，所以才到這裏來的。四人進入工作室，只見那裏蠟光閃閃，彷彿夢境。雖然沒找到紀世都，但大御坊認為這就是紀世都準備讓他們看的，便開始欣賞起來。這時，傳來巨大的聲響，放在工作室中的塑料瓶火箭四處發射，塑料瓶內的液體如雨點般濺開。那液體其實是酒精，酒精點燃了蠟燭，工作室着起火來。在一片煙火中，萌繪仍在尋找紀世都。

　　萌繪提着行李箱來到“歐洲公園”。犀川的研究小組旅行計劃租住這裏的別墅，作為大股東，萌繪可以拿到便宜的價格。她提前來到這裏，與運營“歐洲公園”的Nanocraft公司的社長塙理生哉共進晚餐。理生哉是IT界最成功的青年才俊，過去，他們雙方的父母曾經為他們談過親事。得知此事後，儀同世津子問犀川會不會有點擔心萌繪。犀川説萌繪不是屬於他一個人的。此時，理生哉的秘書新莊久美子來迎接萌繪。在她的引導下，萌繪參觀了公園內的酒店。來到自己的房間後，萌繪發現了一張寫有不可思議的字謎的紙條。她馬上打電話給犀川，談起紙條上的字謎是在暗示自己會死在這裏，犀川安慰她説也許不過是惡作劇。與理生哉進餐的時間到了，萌繪在久美子帶領導下乘坐電梯。久美子用一張卡啓動了電梯，這時，面板上出現一個本來不顯示的“B1”按鈕。久美子説地下是Nanocraft公司的研究機構，但只有公司內部人才知道它的存在。她們到達地下後經過地下通道又乘其他電梯上了一樓。就在萌繪以為回到地上時，走出電梯的她發現自己身在一個教堂中，理生哉出現在她面前。

　　萌繪一覺醒來，發現躲在酒店裏自己房間的牀上。她搖搖晃晃地來到教堂，穿過警察的封鎖錢，仰望天井，發現玻璃被割開了。她去見犀川，想確認自己是不是在做夢。回到酒店後，萌繪給鵜飼打電話，説真賀田四季躲在“歐洲公園”，要求他申請搜查。接到鵜飼聯絡的愛知縣刑警芝池護來找萌繪。萌繪請他和自己一起見理生哉，詢問四季的住處。萌繪和芝池在Nanocraft公司見到了理生哉和副社長藤原博。萌繪指出，理生哉在飲料中下了安眠藥，然後把昏迷中的她帶去與四季見面。而理生哉稱萌繪所説的全是她的幻想。與此同時，犀川用酒店的公共電話聯絡助教國枝桃子，隨便説了幾句就掛斷了電話。不久後，那部公共電話響起來，犀川拿起聽筒，電話那頭的人正是四季。萌繪不是理生哉的對手，在對質中敗下陣來。她回到酒店大廳，藤原追了過來。藤原告訴她，理生哉令Nanocraft成為世界第一，而他建立“歐洲公園”是為能在這裏與萌繪相見。接着，藤原説有樣好東西要給萌繪看，帶萌繪去了地下。