全基因組鳥槍法

對某基因組文庫全部克隆片段進行末端序列測定中未測到的鹼基數，即缺口（gap），與已測定的總鹼基數相關。隨着已測定鹼基數的增加，缺口的總鹼基數目會按照泊松公式的一個推論（P=e^-m）迅速減小。其中P為基因組中某個鹼基未被測定的概率，m為所測定的鹼基數與基因組大小相比的倍數。m越大P值越小。當m=5（即隨機測定的鹼基數達到基因組的5倍）時，基因組中未測定的鹼基數為總鹼基數的0.67%（e^-5=0.0067）。

對流感嗜血桿菌基因組（1.83Mb）來説，可能留有128個平均長為100bp的缺口。

1.利用非特異DNA酶隨機切斷DNA，建立高度隨機，大小為1kb~2kb的基因文庫；

2.進行高效，大規模的單末端測序和雙末端測序；

3.對測序結果進行序列拼接並排除連鎖匹配的錯誤；

4.構建λ文庫進行缺口填補，得到完整基因序列。

隨着所測基因組總量增大，所需測序的片段大量增加，各個片段重疊成一個連續體的概率是2n~2n²。

另一方面，由於真核生物常有大量重複序列，隨機切割的產物可能完全一致，最終造成錯位拼接，導致亂序。