克拉斯特學院

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　　和手製的飛機一起，轉校生阿加特坐着汽車向名校克拉斯特學院駛去。他在同一輛車裏遇到了偶然乘坐這台車的優等生、名門傑斯伯家的兒子白瑞。 正在這時，人造兵擁護派的青年卡魯斯正乘坐飛機和古蘭共和國軍隊交戰，汽車無法前行了。想幫助卡魯斯的阿加特為了向“第一個朋友”白瑞打招呼而穿上了學院的制服，讓飛機起飛。 但是，沒有表示投降，卡魯斯機和阿加特機都受到了軍隊的攻擊。這時，因為阿加特不可思議的能力，“奇蹟”發生了。

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　　阿加特在去尋找被擊墜飛機的殘骸希望還能回收點引擎之類東西的東路，碰到了開着愛車去迎接軍校學生的馮。 對克拉斯特學院抱有敵意的軍校學生們將馮的車弄壞了。阿加特安慰着傷心的馮，一起將車修好了。對阿加特這種學院裏從來沒有過的類型的人，馮漸漸被他吸引了。 克拉斯特學院和軍校的對抗賽就要開始了。但是，被選出參加劍道比賽的白瑞卻遭到了軍校學生們的暗算。

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　　阿加特非常滿足於克拉斯特學院的生活，而且相對於學業更加熱衷於飛機制作。老師赫瑪看着他的樣子，想到了學生時代一樣非常愛好飛機的好朋友卡魯斯。 曾經的同年級學生，現在是軍隊特別行動部部長的貝斯維亞忽然來找赫瑪。赫瑪被貝斯維亞告知的某個事實嚇了一跳。而且卡魯斯和軍隊交戰時，好像還有一個克拉斯特學院的學生去援助他，貝斯維亞為了讓自己立功，決定將名門傑斯伯家的少爺白瑞作為嫌疑者上報。

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　　 目睹阿加特強大奇蹟發動的老師赫瑪，為了整理自己的心情和弄清阿加特的秘密，休假回老家去了。赫瑪家裏原來是靠量產人造兵發家的兵器製造公司。知道了本來應該被封鎖的人造兵工廠好像又在運作的赫瑪，遇到了來探訪秘密的聖職者路德維希。 這時，克羅姆正率領着克羅姆團，襲擊擊墜了卡魯斯的軍港。之後，克羅姆決定將有關人造兵制造的所有人類都抹殺掉，向着赫瑪家裏的人造兵制造工廠而去了。

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　　 好容易到了街道的工業區的阿加特，以幫助年老工人為棄機，住到了老人家裏。過着貧窮生活的老人，負擔着利息越來越重的借款。阿加特為了幫助老人，決定想辦法湊點錢。之後，注意到敏鋭的阿加特的年輕警衞員，邀請阿加特參加划艇比賽。

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　　馮代替行蹤不明的阿加特，將他做到一半的飛機繼續做了下去。但是普通人是被禁止製造飛機的，部件很難搞到手。但馮決定一定要想辦法買到。他從車的經銷商那裏打聽來情報，去了被封鎖的博物館，但是在那裏碰到了意想不到的人物。 另一方面，因為市區裏潛伏着萊格蘭德的叛兵，萊格蘭德出身的白瑞被軍方監視了。

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　　休假時回到老家的赫瑪在沒有意料到的情況下的邂逅中知道了秘密。和被賦予了人類記憶的人造兵少年克羅姆的相遇，經營兵器製造公司的父親的計劃，阿加特出生的秘密……而這些所有，都像跟過去的好朋友卡魯斯緊緊關聯着似的。在旅途中的汽車中搖晃着，赫瑪回憶着過去的事情。

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　　克拉斯特學院的學生會選舉開始了。如果能成為這個名校的學生會長，將來是幾乎被肯定了能夠獲得國家的代表者的地位。因此也常有面臨就業或者考試的最高級學生參加選舉的情況。但是這次，高中部一年級生的白瑞和高年級學生一起站在候補席上。馮被白瑞忽然的行動嚇了一跳，但是還是馬上全面進行協力。而這時，阿加特還在工業區和工人們一起工作着。

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　　和白瑞一起救了差點被軍隊擊墜的馮的阿加特，卻就這樣在白瑞他們面前消失了。阿加特要去的地方，不知為何卻是卡魯斯的老家。在那裏，阿加特遇到了眼睛不好使的卡魯斯的祖母，祖母誤把阿加特當成了卡魯斯。温柔善良的祖母讓阿加特的心靈慢慢痊癒了。但是，追趕着阿加特的諜報員貝斯維亞也追來了。

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　　穿上卡魯斯的制服，阿加特坐上屋頂上的老式飛機，再次起飛了。 他就像風一樣無法停在一處，而且被命運引導着刮過。 並且搖動着將會相遇的人們的心，向着未來趨動。 就這樣，阿加特的軌跡，和和他相遇的人們的道路重疊而織出命運的道路。

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　　作為克拉斯特學院的學生會長，白瑞將人造兵制造的是非作為議題在會議上提出了。但是，別的學生卻對這個議題完全沒有興趣。 這時，得到母親病情有變的通知，白瑞馬上趕去了醫院。 另一方面，坐着老式飛機，阿加特離開了卡魯斯的老家。在經過某個谷口時遇到了伏擊他的由克羅姆率領的克羅姆團的攻擊。

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　　回到學校的赫瑪，等待着他的，是關於阿加特去留的職員會議。去收拾阿加特私人物品的赫瑪，在房間的角落裏看到讓他想到卡魯斯的東西。而這時，完全不知道學校這邊情況的阿加特，準備和克羅姆一起回學校，但乘坐的飛機忽然出故障，在某個村子裏降落了。 在這裏，克羅姆遇到了以前曾經照顧過他的修女，麗娜。而村子的教會正在舉行禮拜。

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　　在和古蘭軍戰鬥中受傷的阿加特，藏在麗娜所在的修道院附近的小屋裏。這期間，克羅姆一邊為村子工作，一邊回憶着和給予自己記憶的卡魯斯的相遇。麗娜也一邊照顧傷口不愈持續昏睡的阿加特，一邊回憶着讓自己決定成為修女的青梅竹馬卡魯斯。然後，想起來某件卡魯斯小時候的事情。

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　　教會的大僧侶羅伯特受路德維希命令去調查某個大典的結果，而絕密訪問着他的教會。在這裏，克羅姆和特別行動中的克羅姆團為了將偶然得到的教會的書籍送來而出現了。 而克拉斯特學院裏，學生中間出現的對人造兵的排斥日益見長。白瑞看見這個樣子，認為自己以學生會長的立場應該有所行動，而且改變了自己應該走的道路，併為此自問着。

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　　被賣給古蘭軍的阿加特遭受了貝斯維亞狂暴的秘密審訊。而阿加特就算肉體受傷了心靈仍然純淨。貝斯維亞卻更加憎惡他了。 而另一方面，在阿加特的工作室內，赫瑪一個人反覆考慮着從學院出走的阿加特出生的秘密。並且無意間發現了一封卡魯斯留下的寫給赫瑪的信。

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　　為了把被貝斯維亞帶走的阿加特救出來，克羅姆單身潛入了軍用設施內部。雖然平安得救，但是兩人卻沒有可以去的地方。這樣阿加特便邀請克羅姆去一個地方。 而那個地方，就是卡魯斯的老家。 但是家裏卻沒有人，而且據説房子已經預定要賣出去了。 這時，本來應該已經進了養老院的卡魯斯的祖母出現了，對兩個“孫子”的來訪非常高興，温柔的迎接他們。

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　　逃脱貝斯維亞追趕的阿加特和克羅姆，去了以前賽艇比賽那個工業區。認識阿加特的工人們温和的歡迎了兩人，兩人溶入了當地生活，過着安穩的日子。 但是以古蘭軍的進軍為契機，因為叛亂分子羅德，街道被戰火所包圍着。 而這時在克拉斯特學院，剛完成阿加特機修理的馮在準備進行測試飛行時，被監視着學校的軍人們抽調了。

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　　仍然被古蘭軍監視着的克拉斯特學院裏非常的不安穩，學生們之間動搖的情緒也越來越廣。 而這時阿加特和克羅姆出現在了校園裏。馮非常高興再次相見。 但是在學校裏，並沒有已經受到退學處分的阿加特和身為人造兵的克羅姆的容身之處。白瑞為了保護無處可去的兩人，和赫瑪一起向校長交涉。

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　　尋找着克羅姆的克羅姆團在路途中，無意到了叛軍的戰鬥現場，遇到了羅德，雙方對峙着。並沒有注意到克羅姆團他們自由的言語和一般人造兵不同，羅德直接命令部下攻擊。克羅姆團被捲入了意料外的戰鬥。而另一方面在克拉斯特學院，以轉學生身份過的並不太習慣的克羅姆耳內，充斥着學生們對人造兵的排斥之音，卻連個不字都不能説。 在這樣的環境下無法抑制自己內心憤怒的克羅姆，和也不怎麼順利的阿加特吵架了。

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　　白天的移動風險太大，因此克羅姆團尋找着藏身之處。這時他們遇到了一個自稱曾受過人造兵幫助的老人。老人讓克羅姆團躲到他家裏去，並且親切的對待他們，但是不幸被討厭人造兵的村民知道了，克羅姆不得不離開了村子。 這時，為了配置參加飛行比賽的機體裝備而外出購買必須物品的馮，在返回學校的路上，倒黴的被捲入了羅德的破壞工作中。

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　　反政府組織首領羅德忽然拜訪其仇敵古蘭軍人貝斯維亞。並不知為何告訴了警戒的貝斯維亞阿加特所在的地方。 而在克拉斯特學院，飛行比賽馬上就要開始了。 阿加特剛完成了阿加特機的整備，但軍隊就來找他，面臨着無法參賽的狀況。於是指名馮代替自己參加比賽。 原本沒有自信而困惑的馮在大家的鼓勵下決定出場參加比賽。

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　　貝斯維亞指揮的古蘭部隊開始炮擊克拉斯特學院。 因為在學校裏怎麼也找不到藏匿着的阿加特，便以炮擊學校來威脅。赫瑪誓死抗議，但是貝斯維亞根本不聽。 在學校裏面，為了救逃慢了的學生的克羅姆的眼中，全是崩壞的瓦礫下面被壓住的學生。 克羅姆想起了自己跟白瑞做的不使用人造兵能力的約定。

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　　被古蘭軍炮轟到已經一半毀壞的克拉斯特學院裏，赫瑪注意到白瑞和馮都沒在避難的學生中間，出去尋找兩人。然後被貝斯維亞抓住，並且聽他説在找到阿加特之前都要拘留學生。 這時，白瑞和馮正在被關掉的工作室的地下室看卡魯斯給赫瑪的信。這裏，有着關於阿加特的驚人的秘密。

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　　看清自己內心的黑暗的白瑞，開始和反政府組織首領羅德一起行動。計劃通過白瑞來獲得傑斯伯一族支持的計謀成功的羅德，得到了教會大僧侶羅伯特給的開封許可，將封鎖的人造兵制造廣場的人造兵們作為兵力投入了進來。 這時，回到克羅姆團的克羅姆誓死尋找的阿加特，因為強大力量的啓動而記憶變得不清晰，迷失在某個無人認識的地方。

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　　駐留在魯貝爾斯領地的古蘭軍隊和反政府組織的戰鬥開始了。羅德投入了大量人造兵兵力，而古蘭軍方面決定採用民族政策來對抗。從高台上看到這個情況的羅德輕鬆的笑着，向旁邊的白瑞説明了自己的秘密計劃。而另一方面，偶然得到了卡魯斯的信知道了阿加特真正身份的貝斯維亞，決定製造一個完全的神。