偵探歌劇：少女福爾摩斯

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　　夏洛克，妮洛，艾露克露，柯蒂妮婭這四人憑着出眾的團隊合作解決了許多事件成為了“福爾摩斯偵探學院”的人氣星。學生和偵探都市橫濱的市民們也憧憬的稱她們為“少女福爾摩斯”。但是，在一個暴風雨的夜晚和宿敵“怪盜帝國”的戰鬥中“少女福爾摩斯”4人失去了Toys。事態突變，原本優秀的偵探“少女福爾摩斯”，變成了幹什麼都不行不行不行偵探了！無論如何都不能讓Toys甦醒的“少女福爾摩斯”四人，因為擔心事態的發展，學院的學生會長安利艾特，亮出了最後通牒！那是什麼･･･？！

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　　失去了Toys的“少女福爾摩斯”現在在閣樓過着同居生活。窮的連飯都快吃不起了，四人煩躁的心情是漸漸下去了。怪盜帝國的亞森·羅森、斯通利巴，託艾特，根津次郎。他們是為了監察“少女福爾摩斯”，各自以二十里，石流，根津的樣子和名字潛入“福爾摩斯偵探學院”。但是，少女福爾摩斯分裂的危機由於一隻小貓「魚糕」的拯救逐漸恢復。然而，有一天早飯的麪包被盜的事件！石流斷定少女福爾摩斯們是犯人聲討她們！陷入危機中的少女福爾摩斯們，不過···。

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　　怪盜亞森·羅森犯罪預告收到了要去超橫濱美術館偷“濱之維納斯像”。於是向當地呼叫由明智小衣、錢形次子、長谷川平乃、遠山咲的四人，橫濱警察為了對付怪盜組成的特別小組“G 4”的成員。另一方面，少女福爾摩斯4人也趕到了超橫濱美術館與“G 4”的4人見面。少女福爾摩斯們強的競爭對手明智小衣，思索出一條計策，告訴少女福爾摩斯們只要按自己説的那樣做的話就能讓失去的Toys復活。4人相信明智的話在美術館中做遊戲的事。但是，在做的那個途中由於艾露忍受不了害羞的姿勢逃了！那樣的情況中，終於怪盜帝國登場···。

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　　福爾摩斯偵探學院的裏側蔓延的橫濱大樹海，失蹤者是一個叫艾琳的小學生。少女福爾摩斯和G4着手對其搜索，夏洛克和明智第二次遇難了。一部分搜索中止了，夏洛克想方設法幫助，那個晚上夜晚的橫濱中擅自在學院的柯蒂妮婭3人。但是，怪盜帝國的陷阱圈套使她們動彈不得了。另一方面，夏洛克和明智在某洞穴中與艾琳相遇。艾琳她們是踏上橫濱大樹海的理由，夏洛克發誓想方設法幫助艾琳。翌日3人嘗試着逃離橫濱大樹海···。

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　　為了追麻雀魚糕飛出了道路。在被汽車軋如此危機的時刻一對自稱瑪麗和凱特2人組的女人怪盜使用Toys在千鈞一髮之際救出魚糕。這對二人組帥氣的表現，使少女福爾摩斯的4人錯認為這2人不是怪盜而是偵探。另一方面，瑪麗和凱特不知為什麼突然有魚糕誘拐計劃，為了這個前往少女福爾摩斯們的閣樓，少女們對這二人組是個偵探深信不疑，然後播弄這2人，總算魚糕誘拐成功。但是夏洛克們尋找着行蹤不明的魚糕，沒有注意到魚糕被誘拐了，…。

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　　瑪羅國的公主・克拉里斯將要和利帕國的佩洛王子舉辦婚禮。作為警衞的G 4每個人都對克拉里斯的容貌和夏洛克一模一樣感到吃驚。另一方面，夏洛克們因為持續的雨天閣樓的濕度100狀態，想要弄一台除濕機。在那樣的時候夏洛克長的像克拉里斯，至少在結婚前一直憧憬的“普通的生活”的克拉里斯，以送除濕機給夏洛克希望暫時代替克拉里斯的請求。被除濕機的心吸引的夏洛克接受了這個要請求，佩洛王子變的性癖。那是···。

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　　怪盜殺手的海角・・・。那裏沉睡着大富豪帕斯卡維爾生前收集的龐大的美術品。亞森·羅森們計劃偷這些美術品。另一方面，以同樣的信息為基礎G4及少女福爾摩斯的成員們也那個地方聚集。沙灘上的太陽，大家吳越同舟的忘記任務開始享受了，下雨的信號激烈地開始了，大家出發探險沉睡寶物的洞穴。但是不斷襲來陷阱裏，使大家越來越被分割。在那樣的情況下，夏洛克和妮洛走到了一個房間···。

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　　中了小衣的計策，患了感冒的少女福爾摩斯4人。由於安利艾特的拼命護理使得恢復，反而安利艾特感冒了。懷着感謝之情的夏洛克們，在房間裏拼命護理安利艾特。另一方面，為了探病小衣帶領G 4們來拜訪偵探學院，還以為少女福爾摩斯們現在還在感冒。但是，來到學院的小衣們聽到夏洛克們叫“亞森”的聲音，立即往安利艾特所在的房間趕去。於是，G 4所看到的是···。

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　　在平時的閣樓裏少女福爾摩斯4人愉快的享用着豪華用餐。是索尼婭為憧憬的夏洛克前輩送來的慰問品。吃飯之後享受着通靈板的占卜。到了深夜，不知為什麼根津把索尼婭送到房間。但是，在回去的路上，根津是什麼人襲擊打倒了！地板上殘留了死前留言，而犯人懷疑少女福爾摩斯。走投無路的夏洛克們4人，在通靈板上呼叫各自的祖先，打算幫助策劃……。

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　　得到“Toys是可以經過大試煉復甦的”留言的少女福爾摩斯。4人認為試煉=考試，甚至認為下次的考試就能讓Toys回來。不合格就會被退學的，但是少女福爾摩斯沒有考試複習到處遊逛。安利艾特也確信了只要考試就會讓少女福爾摩斯的Toys回來。等到考試的那天結果還是平時那樣差勁的樣子不合格。少女福爾摩斯的退學危機迫近。正是那個時候，亞森·羅森在橫濱美術館別館出現！希望有機會挽回考試結果的夏洛克們幹勁十足地出動･･。

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　　少女福爾摩斯，終於被福爾摩斯偵探學院退學了，夏洛克們離開了學院。另一方面，活動日趨活躍地怪盜帝國。G4成員將其他三人的近況告訴在中華料理店開始工作的夏洛克，4人是久違的重逢。但是喜悦之餘，旁邊的街頭屏幕眼熟的身影・・・。什麼安利艾特被三角地掛在橫濱大峽谷的吊橋下面！亞森·羅森來挑釁如果還有人愚蠢地相信正義的話，就來救她吧。但是，Toys沒有恢復少女福爾摩斯4人···。

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　　怪盜帝國VS少女福爾摩斯的最後一戰開始了。終於亞森·羅森的力量解放了，朝着少女福爾摩斯們發起壓倒性的攻勢･･･。

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　　明智小衣被誘拐了！G 3（小衣以外的G4）和少女福爾摩斯為了奪回小衣朝着艾琳宅邸出發，結果碰見小衣偶像的形象初次亮相，原來艾琳父親的公司又迎來了破產的危機，是鉅款到手了的艾琳父親引起的事件。小衣拒絕了成為偶像的事，G 3的成員和少女福爾摩斯也開始推薦她成為偶像・・・。