偵探學園Q

　　深夜時分，當Q和惠沿路交談之際，看見在工地的吊車上有人揮動探照燈，隨後突然墜落下去！於是兩人立即趕去，發現有人掛了。死的正是白天因誤會而與Q和小惠相識的中島。參與調查的DDS校長秘書片桐紫乃邀請Q、小惠和金太參加入學考試。

　　為測試報考者的第一場考試是模擬過去的一樁案件，位於湖畔休閒旅館的一間木屋，攝影師伏見一月份後為拍攝高原休閒區湖泊，但卻在屋中的牀上遭鋭利刀器刺殺而死。嫌疑犯6名。Q等人通過推理確定了兇手……他們能順利過關嗎？

　　Q等4人追逐犯人漸漸進入到了崇山峻嶺之中。然而中途跟丟了犯人。

　　入學典禮時，突然收到引爆炸彈的預告信，一共3枚，第1枚很快在8點引爆了。爆炸犯很快被抓住，校長團守彥老師等人在噴泉邊與犯人對話時，第二枚也爆炸了。Q等人能推理出第三枚在哪裏嗎？

　　數馬因對分配到Q班不滿，所以要求參與A班的調查實習，如果成功破案則調入A班，沒想到整個Q班都被允許參與。被害者是一星期前，為陽台墜落的花盆砸中頭部而死的體育評論家大鳥，臨死前在電腦中輸入了一串dyingmessage。而關鍵就是如何解讀這段信息。

　　Q、惠、金太郎深夜相遇，卻突然聽到慘叫聲傳來，於是就立刻趕到現場，又是有人掛了。死者是作詞家明美，據説臨死前發過一份作詞的傳真。雖然確定犯人就是妹妹久美，但如何破解她1000人作證的不在場證明呢？

　　Q班一起參加片桐過去同學的畫展，卻沒想到成為一段痛苦的回憶。片桐老師傾慕的畫家東條被人殺害，臨死前留下白色拼圖的dyingmessage。破案的希望就是小惠的瞬間記憶能力。

　　Q班與A班一起到霧咲島參加特別課外輔導，模擬過去已經解決的——開膛手傑克事件。而他們都不知道的是，他們即將成為新一幕開膛手傑克的主角。A班的三名同學先後成為了被害者，到底誰是犯人？

　　雙重密室中發生的殘虐殺人事件，使全體人話都沒有。瞬間記憶能力的梅格如今怎樣安慰嗎？處於不明的狀態。但是，從昨天開始肆虐了的風越來越厲害了，大家想從島上逃離也變得不可能。

　　第二個受害者出現了。團憤怒而顫抖的説，是“徹底地探索島，尋找出潛伏在某處的犯人！”但是，有着“從現場梅格烹飪的食物丟失，尚在50克麪粉和黃油碎片不可能”的證言。晚上大家，誰也不知道應不應該去西側發現的一棟燈亮着的房間看一看…

　　連續發生了殘虐殺人事件。事情緊急已經火燒眉毛。Q下決心合作挖掘事件的真相，大家分成兩組開始行動。

　　Q受以前的同學一之瀨所託，參加為一之瀨意外死亡母親召開的降靈會，突然出現的不明降靈術師朝昌，在眾人圍成一圈並且黑暗中的降靈會被刺殺而死。叔母幸代，在花室中吊死。Q看到了一之瀨母親的委託信後，悲傷之情難於言表。

　　Q受以前的同學一之瀨所託，參加為一之瀨意外死亡母親召開的降靈會，突然出現的不明降靈術師朝昌，在眾人圍成一圈並且黑暗中的降靈會被刺殺而死。叔母幸代，在花室中吊死。Q看到了一之瀨母親的委託信後，悲傷之情難於言表。

　　Q受以前的同學一之瀨所託，參加為一之瀨意外死亡母親召開的降靈會，突然出現的不明降靈術師朝昌，在眾人圍成一圈並且黑暗中的降靈會被刺殺而死。叔母幸代，在花室中吊死。Q看到了一之瀨母親的委託信後，悲傷之情難於言表。

　　暑假到了，Q班同學們利用暑假到海邊去浮潛，但途中遇到了一隊醫生正因為失蹤同伴而鬧得不可開交。眾人研判失蹤者應該前晚酒後跑去夜潛，於一起出海尋找到達潛水地點之後，果然發現名該失蹤者已經死海底沉船船艙之中。死者到底意外死亡還殺小Q和流開始抽絲剝繭找出真相。

　　就快舉行編班考試了，大家佈告欄前議論紛紛時候，碰到了上次霧裂島一起辦案。A班精英正當雙方互相嗆聲時候，團先生忽然出現提議出題讓雙方解答比個高下。團先生提出題目神隱村神秘憑空消失事件，一個大學生留下一組連到稻田中央腳印之後，突然消失無蹤，小Q能夠擊敗A班精英份子先找到答案嗎。

　　Q班接到團先生命令前往推理競賽中神隱村調查神秘失蹤事件。這個深山中小村落這10年來已經發過7件失蹤事件，而且還有祭拜疫神奇怪宗教和舊日本軍寶藏傳説眾人來到神隱村前哨葫蘆村之後，碰到一組電視台人員，第二天早上這組電視台人員中播報員失蹤了。大家根據現場證據研判，而村子墓地中找到了屍體。

　　Q班調查行動開始了，流和小惠前往神隱村。其人則留葫蘆村，大家通往神隱村隧道中，遇到了電視台攝影小組導播，安西透露自己已經掌握了舊日本軍寶葬秘密，打算一個人去尋寶。一行人到達神隱村之後。不久安西就失去了蹤影，只剩下帶走攝影機被村民送回旅棺攝影機中留下錄影帶顯示出安西被突然抓到空中……另一方面數馬在網路上，發現了舊日本軍關於葫蘆村和神隱村鎖碼密件試圖加以解讀。

　　Q班一行人分成兩組分別到神隱村和葫蘆村進行調查工作，數馬嘗試解讀舊日本軍加密文件，但無法完全解開。多虧金太無意間提醒，使數馬突然開竅，解開了密件編碼而密件透露了驚人事實流和小惠，神隱村被疫神教教徒押去見教主流當場質疑。教主就連續殺人案兇手教主裁示讓流和小惠到隧道口岡哨盡情調查並且預言又將有神隱發生。

　　葫蘆村又有新事件發生了，但預言會有事情發生教主卻有不場證明，證實自己一步都沒有離開神殿，而根據現場情形判斷兇手應該葫蘆村現場。當案情陷入膠著小Q決定轉換視點換個角度來看整個事件，看到日出小Q突然豁然開朗解開了兩個村子多年來神隱之謎假借神隱犯下連續殺人案件，兇手竟然。

　　展開大家眼前難以置信景象，原來葫蘆村和神隱村只有一牆之隔。走進神隱村神殿就可以直接通到葫蘆村水壩，根本不必通過冗長隧道舊日本軍寶藏秘密，還有接二連三神隱事件真相經過。Q班同學抽絲剝繭終於揭開了真相。原來這一切都半個世紀前愚蠢人類造成歷史悲劇。

　　為了做田野調查，而到某高原別墅區。Q班一行人碰巧遇到了一件離奇兇殺案，被害者面前的餐桌擺滿了豐盛的料理，經過查證被害者料理研究家已經死亡超過兩天，但桌上料理卻剛出爐不到半天詢問過現場4名最先發現死者人之後，流就鎖定了兇手整件疑案重點就桌上豐盛晚餐以及被害者死亡時間。

　　Q跟金太去賀來海峽釣魚，在列車上碰到了Q非常喜歡的漫畫家水無月香。但是水無月卻想殺害她的前男友多賀研次，而利用Q跟金太做她的不在場證明人。

　　Q在偵探學院的委託案件中，發現了他非常感興趣的未解決一件密室殺人案件，趁假期來到了輕井澤，卻碰上了A班的雪平櫻子……不久，又一名偶像差點被殺，雪平也遇到了危險。Q班的其他人在關鍵時刻出現，事件也得以解決。但是……神秘組織登場！

　　Q在偵探學院的委託案件中，發現了他非常感興趣的未解決一件密室殺人案件，趁假期來到了輕井澤，卻碰上了A班的雪平櫻子……不久，又一名偶像差點被殺，雪平也遇到了危險。Q班的其他人在關鍵時刻出現，事件也得以解決。但是……神秘組織登場！

　　小惠邀請Q一羣人去家裏做客，卻發現家裏有小偷潛入，經過觀察，發現櫥櫃裏的餐具無緣無故的多了，Q斷定小偷並沒有離開屋子而是還藏在小惠家中。原來這個冥王星組員假扮的小偷藏在……

　　學園來了新老師，金太的大條導致被罰留校打掃校舍。由於金太要去打工，所以就拜託Q和他換，於是小惠也一起留下來幫助小Q，小Q在打掃的時候發現了舊校舍的秘密的地下入口，門上畫着10條龍。解開密室門上的秘密後小Q和惠進入密室，發現這間密室一直秘密藏着一個人，以及這個人留下的被燒燬的日記本。

　　小Q和惠在研究密室究竟藏着誰的時候，有人將門鎖上，並放入毒蛇，毒蛇將惠咬傷。危急時刻，流、數馬和金太將小Q和惠救了出來。

　　某著名高中中流傳殺人錄影帶的消息，於是派流和小惠前去調查。

　　罪犯將小惠綁架並讓他親眼見到殺人的場面，並襲擊了其他的同學。流經過仔細觀察逐步鎖定了犯人。

　　小Q前來幫助流破案，流用自己引出了罪犯，沒想到罪犯殺人的原因竟是源於一場誤會。

　　小Q和金太去調查偷盜內褲案件時被誤認為偷窺狂而遭到暴打，於是團守彥派雪平、小惠等3個人去解救小Q，沒料到卻在地鐵上遇上色狼。色狼完全不承認，但是憑藉雪平櫻子的執着果敢，小惠的瞬間記憶逼色狼招供。

　　數馬的學校發生詛咒的吹箭和箭毒鹼被偷了，於是數馬和Q班其他人到學校調查，此時數馬喜歡的老師太刀川瞳在料理室烤餅乾的時候被毒箭射中，暈了過去。

　　經過對教導老師、巖守老師、繪部老師的盤問，並沒有發現可疑。案件陷入僵局，直到流對料理室強勁的抽風機產生了懷疑，數馬也發現了麪糰。憑空消失罪犯到底是誰？最後數馬順利的解決了案件。

　　Q、小惠和金太在遊樂園遇到了爆炸，之後得知這是起連環爆炸案。經過調查，Q班和團老師他們合力抓住了炸彈魔——珠寶降靈者良城大木。但此時良城已經佈置好下一枚炸彈。Q他們雖然推理出炸彈所在地某商場，但苦於找不到炸彈具體安放點。Q他們怎樣才能順利阻止炸彈爆炸呢？

　　Q等人接受小提琴家弓削雅臣的委託，調查針對弓削擁有的名琴——特思塔尼之龍（九頭龍匠製作）繼承問題而發生的恐嚇事件，恐嚇信來自已經去世的女弟子寶生美鶴。弓削在山中別墅幻奏館舉行演奏會，未參加的女弟子白州真弓被發現殺死在房間中。上下山的路被堵上，金太、本鄉和另一弟子五田島學也被耽擱在路上。此時，別墅中又傳來悲鳴。

　　小提琴家弓削雅臣的弟子之一村雨紫音被毒死在吧枱，成為第二名受害者。流推理出了白州被殺的手法，Q注意到了流的反常，並且注意到了其他線索。數馬調查出了寶生美鶴自殺的真相。五田島摔下山崖萬幸未死，最後一名弟子霧島想七太被發現死在房間裏。

　　流發現樂器收藏家司馬朝繪是冥王星的人。Q推理出了真兇的手法。兇手被冥王星催眠要殺Q，流擋在了Q的前面。

　　本鄉老師決定讓金太獨自送流去醫院。本鄉告訴Q和小惠冥王星的事情，並揭穿司馬的身份。Q擔心流和金太，追上了他們。流被順利送到了醫院。假扮司馬的薰被冥王星成員阿努比斯催眠變成了瘋子。阿努比斯去醫院看望流，原來流是冥王星的正統繼承者，一直非常痛恨自己被詛咒的命運。流從醫院失蹤，Q找到流，流暫時住進了Q家。

　　流住進了Q家。Q母帶着兩人去買東西準備開歡迎會。三人經過空房區，聽Q母説了無頭女的恐怖故事，Q和流決定去無頭女出沒的神社調查，結果真的看到了無頭女，跟蹤之後卻不見了蹤影。第二天Q和流決定揭穿無頭女的真面目。

　　Q班接受政治家鷹飛勝五郎的委託，調查陣中（人柱）村反對大壩建設的恐嚇事件。本鄉老師同行。Q等人去大壩拜訪鷹飛，卻發現鷹飛在密室裏被勒死，且屋內有燒過的痕跡，讓人聯想到魔矢公主的詛咒。另一邊，黑手伸向了建設社長強羅久史。

　　建設社長強羅久史被發現死了，且頭部已被燒掉。Q等人分頭調查強羅之死，但找不到兇手的決定性證據。Q班去看警察證明鷹飛自殺試驗，意外發現重要線索。

　　Q等人揭穿了兇手的手法。流認出了假扮秘書尾花俊之的就是冥王星的阿奴比斯，向他表示了自己與哈迪斯為敵的決心。

　　團守彥校長被綁架，指使者是冥王星的阿努比斯和由裏繪。綁架犯的快速行動使Q和流認為學園內有內奸。Q等人推理出了綁架犯的手法，在實施逮捕時，犯人被催眠自殺。眾人在找團守彥時，Q發現了團老師留下的線索和一張照片。

　　Q等人根據團老師留下的暗號得知他被帶到了名為DDSunrise號的船上。本鄉老師帶領Q班拼死追到了船上。隨後七海帶領A班也趕到支援。Q和流分開找團老師。流和阿努比斯對峙時，阿努比斯啓動了爆炸。Q找到了團老師，揭穿了假冒的片桐，卻被由裏繪關在房間裏。Q他們能安全逃脱嗎？