伊斯蘭法院聯盟

自從索馬里原政府在1991年被推翻後，一些奉行沙里亞法規的伊斯蘭法庭逐漸成為當地主要的司法系統。後來這些法庭開始提供其它服務，例如教育及醫療。它們也擔當地方警察，經費來自當地商人的繳費。伊斯蘭法庭除了負責制止劫案及打擊毒品交易外，也禁止當地電影院播放被它們認為是色情的電影。索馬里人口幾乎全是穆斯林，這些措施為伊斯蘭法庭取得不少民眾的支持。有些伊斯蘭法庭開始尋求互相合作，逐漸發展為民兵組織“聯合伊斯蘭法庭”。

經過數星期戰鬥後，該組織於2006年6月擊敗美國支持的軍閥聯盟，攻佔了首都摩加迪沙，到9月已控制了索馬里中部及南部大部份地區。

有報道稱該組織得到沙特阿拉伯的暗中支持。

2006年12月，埃塞俄比亞開始大規模介入索馬里內戰，派出大批士兵進入索馬里境內，並出動空軍助戰，支持索馬里過渡政府反擊聯合伊斯蘭法庭，後者節節敗退，在12月28日放棄摩加迪沙，在2007年1月初基本上已失去全部佔領區，然而外界相信聯合伊斯蘭法庭沒有完全被瓦解，只是化整為零。

該組織被指與恐怖份子有關，美國海軍曾利用巡航導彈襲擊他們的據點。

失去佔領區後，ICU發生分裂，強硬派繼續堅持武裝鬥爭，成立了諸如伊斯蘭青年黨（Al-Shabaab）和伊斯蘭黨（Hizbul Islam）等組織，在索馬里南部和西部繼續作戰，逐漸恢復戰力，並在2009年重新攻入摩加迪沙。

同時，較為温和的部分ICU人員在謝赫·謝里夫·謝赫·艾哈邁德等人的領導下，在鄰國厄立特尼亞成立索馬里再次解放聯盟。2008年，謝赫·謝里夫·謝赫·艾哈邁德決定與索馬里臨時政府展開和談，遭到索馬里再次解放聯盟中部分強硬派的反對，被開除出黨。2009年初，謝赫·謝里夫·謝赫·艾哈邁德當選索馬里臨時總統。