代號D機關

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昭和12年秋，在陸軍內部的強烈反對之中，根據結城中佐以間諜培養為目的的D機關在背後秘密地被設立。接受從參謀本部監視的密令，奔赴D機關的佐久間中尉看到的，是沉着冷靜地通過超人的選拔試驗的年輕人。某天，參謀本部的武藤大佐對D機關下令，去調查親日的美國間諜約翰・戈登的嫌疑。佐久間與D機關人員們打扮成憲兵隊，開始對戈登的宅邸進行搜查……

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搜查戈登的宅邸的佐久間等人，怎麼也找不到間諜行為的證據。在此之中，搜查是第二次，從戈登的口中説了出來，佐久間才明白了這個任務是被武藤暗算了。武藤把真正的憲兵隊搜查失敗的責任推卸給再次被命令的D機關搜查的事情上，如果事成的話也能讓D機關解體。走投無路的佐久間，突然想起了結城中佐和三好等機管人員的話。然後，佐久間注意到了某件事！

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男子醒來後什麼都想不起來，全部的記憶都喪失了。所持的護照上寫着“島野亮祐”的名字，入境地是馬賽。根據在一旁的神秘的阿蘭等人所言，得知現在的法國已經被德國佔領的事情。在與阿蘭一行交談的過程中，“島野”從意識深處的呼喚警戒起來，並意識到另一個自己的存在。到底自己為何人，為何自己在此地。突然，有德國兵湧進這隱蔽的房子。在窮途末路的情況之中，“島野”採取了意想不到的行動。而他的真實身份是，D機關成員波多野。

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被分配到上海派遣憲兵隊的本間英司軍曹，一就職就被及川政幸大尉傳喚。從及川那裏接到了，搜查憲兵隊內部潛藏的敵方內奸的命令，在那個時候，爆炸聲響起。本來在搜查被炸的及川的房子的本間，遇到了曾經在日本進行調查的記者鹽冢朔（福本）。鹽冢向本間傳達名為草薙行仁的積極分子參與此次的恐怖行為的情報。

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在倫敦經營着照相館的伊澤和夫（神永），某日突然間由於諜的嫌疑被逮捕。忍耐着執拗的訊問的伊澤的面前出現的，使英國諜報機關的間諜大師，霍華德·馬克斯中校。落入敵人的圈套後，被外交官揭露自己是D機關的一員，醒悟自己被結城中佐出賣的伊澤，被馬克思勸服成為雙重間諜，但…。

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接受了想從“協力者”莫洛佐夫的手中獲取機密情報的緊急聯絡，D機關的瀨户禮二（田崎）乘坐着滿洲鐵路的亞洲特快。交接情報並謀求接觸，但莫洛佐夫卻已經被殺害，屍體的旁邊留着一張“倒吊人”的塔羅牌。知道暗殺者是蘇聯的秘密放諜機關施密爾舒的人的瀨户，為了奪回被記下機密情報的報紙，開始追蹤不見身影的敵人。

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經由從舊金山到夏威夷羣島前往日本的豪華客船朱鷺丸。原本在那個甲板上玩着組字遊戲的內海脩（甘利），遇到了名為傑弗裏·摩根的男人。花言巧語引出情報的內海，看穿了摩根正是被英國秘密諜報機關僱用暗號專家路易斯·麥克勞德的事實。但是那時，一發炮聲響起。由於突然出現的英國軍艦，使得形勢逆轉。麥克勞德昂然自得起來。正當他口碰酒杯時，便在那裏倒下，並留下了“刻耳柏洛斯”這神秘的詞語就一命嗚呼了。

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原外交官白幡樹一郎，被掛有盜讀陸軍的秘密“統帥綱領”的嫌疑。蒲生次郎探知與白幡是故知的關係的英國領事歐內斯特·格雷厄姆的真相，但反映格雷厄姆進行間諜行動的確鑿證據完全找不到。蒲生決定潛入夜深人靜的格雷厄姆的宅邸。

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風户中佐帶領着由純粹的陸軍軍人組成的“風機關”，策劃着D機關的下台，並追逐着有間諜嫌疑的白幅樹一郎。然後終於，通過白幡宅邸的書生森島邦雄（實井）被告知了“統帥綱領”的交換時間。於是風户與部下一起進入白幡的宅邸。但是，不知為何房子裏感覺不到任何人的氣息。

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英國泰晤士報的極東派遣員亞倫·普萊斯，為了揭露傳言中D機關的創設者——結城中佐的真實身份而進行調查。查閲剛入手的陸軍幼年學校的名單的普萊斯，注意到了雖然成績以榜首及格，但因品行不良而退學的學生。那個學生的名字是“有崎晃”。拜訪服侍有崎家的裏村老人的亞倫，詢問晃的出身的過程中，確信有崎晃就是結城中佐。

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所屬德國國防軍的諜報機關Apuvea的赫爾曼·沃爾夫大佐，與擔任副官的約翰·鮑爾中尉一同着手於柏林郊外發生的列車事故的調查。然而從被事故關係到的男人的隨身物品中，找到了間諜道具。招供出了從名為真木克彥（三好）的日本男人的屍體上偷的。

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柏林通訊社的記者卡爾·施耐德有着蘇聯的雙重間諜的嫌疑。尋找證據的間諜D機關，突然得知施耐德神秘死亡。接受結城中佐的指令的機關員們各自出去調查。

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好奇心旺盛的野貓“約魯”肚子餓了，遇到了在魚店買東西的D機關的福本。約魯在他身後跟隨着散發着的味道。緊盯着魚的約魯潛入了大東亞文化協會，只見機關員們在訓練中……

約魯從福本那裏成功得到魚，不小心被討厭貓的三好看到了，並被趕出了大東亞文化協會。但是，卻得知了陷害D機關的人的陰謀……