中性進化論

一是“同義”突變，即在一個三聯密碼中，有一個核苷酸發生置換，往往不會造成氨基酸的改變。認為“同義”突變頻率佔核苷酸置換總數的四分之一。

二是非功能性DNA順序的突變對蛋白質的合成沒有影響。

三是結構基因的突變，不影響蛋白質原有的主要功能。

木村的分子進化理論的“中性突變——隨機漂變假説”即“中性學説”，簡單地可以比喻為：很大的一羣人去買彩票，假設沒有內幕操作，這個羣體中每一箇中獎的概率應該是一樣（和你的膚色、學理、財富無關，也就是沒有選擇偏好）。

木村中性理論的主要內容有：在分子水平上，大多數生物演化和物種內的大多數變異，不是由自然選擇引起的，而是通過那些對選擇呈中性或近中性的突變等位基因 ^[1]  的遺傳漂變累積引起的。從中性學説出發，可以得出進化速率保持每年每個位置恆定的結論。同源蛋白質如同工酶所具有的豐富的多態性表明，這些生物大分子具有同樣的高級結構，都能很好地完成其生物功能，它們之中哪一個也不比別的分子更優越。也就是説，在分子水平上，不考慮有利突變。假基因是一些失去功能的基因，完全不受自然選擇淘汰，事實證明，假基因的鹼基替換確實不受限制，其進化速率等於分子的突變率。

分子進化有五大特徵：

（1）對每種生物大分子而言，只要分子的三級結構與功能基本不變，那麼各個演化路線，以突變替代表示的演化速率大致保持每年在每個位置上恆定。

（2）機能較次要的分子或分子片段的進化速率，高於機能較重要的分子或分子片段的進化速率。

（3）在分子演化進程中，使分子現存結構和功能破壞較小的突變比破壞較大的突變有更高的替換率。

（4）基因重複通常發生在一個具有新功能的基因出現之前。

（5）明顯有害的選擇淨化和選擇上呈中性的或輕微有害的突變隨機固定，比明顯有利突變的正達爾文選擇更為頻繁。

以上五個特徵中（1）和（5）是最基本的特徵。

中性學説打破了以達爾文為代表的自然選擇學説，在當時引起學術學界的相當大的反響，甚至神學也參和進來，其影響遠遠超出了羣體遺傳學，甚至進化生物學範圍。隨着生物學科的發展和大規模物種的基因組測序工作的展開，中性學説在得到更多數據的支持，其正確、有效將得到更好的認識。