下游工程

生物工程常可以分為兩個階段。首先是通過DNA重組、細胞融合的方法或通過其他育種、基因突變方法獲得優良菌種或突變菌種，這一階段現稱為上游的工作。此後，菌種大量培養，生物產物的分離純化、獲得目的產品，及對其進行分析鑑定，統稱為下游工程。

1. 細胞回收技術（固液分離）：絮凝，離心，過濾，微過濾。

2. 細胞破碎技術：球磨，高壓勻漿，化學破碎技術。

3. 初步純化技術：吸附法，離子交換，從沉澱（鹽析法，有機溶劑沉澱，等電點，沉澱劑），溶劑萃取，兩水相萃取，超臨界萃取，逆膠束萃取，膜分離技術。

4. 高度純化技術：各類層析，親和，疏水，聚焦，離子交換，結晶法，色層分離。

5. 成品加工：濃縮，除菌與熱原，噴霧乾燥，氣流乾燥，沸騰乾燥，冷凍燥。