側翼序列

在每個割裂基因中，第一個外顯子的上游，和最末一個外顯子的下游，都有一段不被轉錄的非編碼區，稱為側翼序列（flankingsequence），包括啓動子、增強子以及終止子等對DNA轉錄起調控作用的DNA序列 ^[1]  。

側翼序列含有基因調控序列，如5’ 端含有的啓動子、 增強子，3' 端含有的終止子和多聚腺苷酸信號等，對基因表達起重要的調控作用。

在應用PCR技術分析DNA遺傳多態性分析時， 側翼序列常表示目的片段兩側與引物之間的保守序列。

啓動子是RNA聚合酶識別、結合和開始轉錄的一段DNA 序列，它含有RNA 聚合酶特異性結合位點和轉錄起始所需的保守序列，多數位於結構基因轉錄起始點的上游，啓動子本身不被轉錄。

也有一些啓動子（如tRNA啓動子）位於轉錄起始點的下游，這些DNA序列可以被轉錄。

啓動子的特性最初是通過能增加或降低基因轉錄速率的突變而鑑定的。

增強子是DNA上一小段可與蛋白質結合的區域，與蛋白質結合之後，基因的轉錄作用將會加強。增強子可能位於基因上游，也可能位於下游。且不一定接近所要作用的基因，甚至不一定與基因位於同一染色體。這是因為染色質的纏繞結構，使序列上相隔很遠的位置也有機會相互接觸。

終止子是給予RNA聚合酶轉錄終止信號的DNA序列。

在遺傳學中，沉默子是一段能夠結合轉錄調節因子的DNA序列，這種轉錄因子稱為阻遏蛋白。與增強子對DNA轉錄的加強作用相反，沉默子會抑制DNA的轉錄過程。DNA上的基因是mRNA合成的模板，而mNA最終被翻譯成蛋白質。當沉默子存在時，阻遏蛋白結合到沉默子DNA序列上，會阻礙RNA聚合酶轉錄DNA序列，從而阻礙RNA翻譯為蛋白質的過程。因此，沉默子可以阻礙基因的表達。